La Escuela Naval tiene por misión, seleccionar y formar a los futuros Oficiales Navales en lo moral, militar, intelectual, físico y cultural, basados en los más altos ideales y valores sustentados por la Armada de Chile, con el propósito de obtener líderes con las competencias y virtudes requeridas para el Servicio Naval, los que en su calidad de Oficiales de Línea, de los Servicios o de la Reserva Naval, sean capaces de conducir mañana los destinos de nuestra moderna Marina que se abre al Siglo XXI.”

La Escuela Naval lleva el nombre de nuestro héroe máximo, héroe reconocido por toda la nación y muchos páises extranjeros, no sólo por su desempeño en el Combate Naval de Iquique, sino por sus diferentes virtudes que emanan del análisis de su personalidad y vivencias.

Si parte de su misión, indica que debe formar a los futuros Oficiales en lo moral y cultural, basados en los valores sustentados por la Armada, comprendemos que debemos formar al Cadete en muchos de los valores y virtudes que reconocemos poseía el Comandante Prat, quien debe ser el norte y guía de los alumnos, futuros líderes de la Armada de Chile.